El municipio de Atxondo está situado en la Comarca del Duranguesado, al Suroeste de la provincia de Bizkaia, entre los municipios de Elorrio y Abadiño, y lindante con el municipio de Aramaio.

Para acceder al valle, hay que tomar la carretera comarcal BI-632 Durango-Beasain. A seis kilómetros de Durango se encuentra a la derecha la desviación que conduce hasta Apatamonasterio, el principal núcleo urbano. Y desde aquí, a los distintos barrios del valle que configuran el término municipal.